株式会社の取締役は自然人でなければなりません（会社法331条1項1号）。一方、合同会社の場合は、業務執行社員や代表社員に法人がなることができます。
法人が業務執行社員になるといっても、法人そのものが業務を行うことはできません。そのため、実際に職務を担う「職務執行者」を選任する必要があります（会社法598条）。法人が代表社員である場合には、職務執行者の氏名と住所が登記事項になります。
実務では、産学連携で大学と企業が共同で合同会社を設立するケースや、グループ会社の中で持株会社的に法人を業務執行社員に据えるケースなどで見かけます。
法人税の扱い：役員報酬の損金算入制限がかかる
法人税法基本通達9-2-2では、合同会社など持分会社の社員である法人は、法人税法2条15号の「役員」に含まれるとされています。
そのため、合同会社が法人社員に支払う業務執行報酬は、法人税法34条の役員給与の規定の適用を受けます。つまり、定期同額給与や事前確定届出給与といった要件を満たさなければ、損金算入が認められないことになります。
「法人に対する外注費のようなもの」と整理してしまうと、損金算入の判定を誤る可能性があります。
消費税の扱い：受け取り側の法人にとっては「課税売上」
ここからが本題です。
消費税法基本通達11-1-2では、課税仕入れの範囲から除かれる「給与等を対価とする役務の提供」を、「雇用契約又はこれに準ずる契約に基づき給与等を対価として労務を提供すること」と定義しています。
合同会社の法人社員が受け取る業務執行報酬は、形式的には「役員報酬」と呼ばれることもありますが、その実質は雇用契約に基づく労務提供の対価ではありません。法人が経営に対して役務を提供することへの対価です。
法人と法人の間で雇用契約は成立しません。したがって、消費税法基本通達11-1-2の「給与等を対価とする役務の提供」にはあたらず、課税仕入れから除かれる対象に入らない、という整理になります。
結論として、合同会社の側ではこの支払いは課税仕入れに該当し、受け取る法人社員の側では課税売上として処理することになります。
源泉徴収は不要
所得税法6条により、法人が受け取る所得については所得税の源泉徴収は行われません。法人社員に対する業務執行報酬の支払については、源泉徴収を要しないことになります。
合同会社側で会計処理を行う際、株式会社の取締役に対する役員報酬と同じ感覚で源泉徴収してしまうと誤りになります。ここも実務での注意点です。
インボイスの取扱いを忘れない
支払う合同会社側で課税仕入れになるということは、仕入税額控除を受けるためには、原則として法人社員からインボイス（適格請求書）の交付を受ける必要があります。
合同会社の業務執行報酬を支給する場面で、毎月インボイスをやり取りするという発想が抜けがちです。法人社員側がインボイス発行事業者の登録を済ませていないと、合同会社側で仕入税額控除ができない事態が生じます。
インボイス制度が導入される前であれば
この仕組みは、インボイス制度導入前であれば、消費税の節税設計として利用される余地がありました。
たとえば、本業で多額の課税売上を持つ合同会社が、その業務執行社員に免税事業者の法人を据え、毎月相当額の業務執行報酬を支払うとします。旧制度（請求書等保存方式）の下では、支払先が課税事業者か免税事業者かに関係なく、支払う側は仕入税額控除を取ることができました。
つまり、合同会社の側は支払額に対応する消費税相当額を仕入税額控除でき、受け取る法人社員の側は免税事業者であれば消費税の納税義務が生じない、という状態が成立し得ました。グループ全体で見ると、消費税の納税額が圧縮される構図です。
インボイス制度導入後は、この設計は基本的に機能しなくなりました。合同会社側が仕入税額控除を取るためには、法人社員側からインボイスの交付を受ける必要があります。法人社員側がインボイス発行事業者として登録すれば免税事業者ではいられなくなり、登録しなければ合同会社側で仕入税額控除ができません（経過措置による段階的な控除はありますが、控除割合は縮小していきます）。
合同会社の法人社員に対する業務執行報酬が課税取引であるという論点は、インボイス制度が塞いだ「消費税の経路」のひとつとして見ることもできます。
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